百香果低溫脅迫下 JA 代謝途徑在其中的響應(yīng)方式鮮見報(bào)道。因此,本研究以 紫果百香果為材料,開展百香果低溫脅迫轉(zhuǎn)錄組研究, 并從中挖掘 JA 代謝途徑相關(guān)的差異表達(dá)基因,以期為 進(jìn)一步研究百香果抗寒機(jī)制提供科學(xué)參考。Eppendorf 高速冷凍離心機(jī),德國(guó) Eppendorf 公司; 2720 PCR 儀,美 國(guó) Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩渦震蕩器,北京中西遠(yuǎn)大科技有限公 司; BE-1100 四維旋轉(zhuǎn)儀,海門市其林貝爾儀器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量測(cè)序儀,美國(guó) Illumina 公司; Eppendorf Realplex4 熒光定量 PCR 儀, 德國(guó) Eppendorf 公司。Eppendorf 高速冷凍離心機(jī),德國(guó) Eppendorf 公司; 2720 PCR 儀,美 國(guó) Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩渦震蕩器,北京中西遠(yuǎn)大科技有限公 司; BE-1100 四維旋轉(zhuǎn)儀,海門市其林貝爾儀器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量測(cè)序儀,美國(guó) Illumina 公司; Eppendorf Realplex4 熒光定量 PCR 儀, 德國(guó) Eppendorf 公司。
基于 DEGs 分析結(jié)果,不同處理和生物重復(fù)間百香 果轉(zhuǎn)錄組相關(guān)性分析結(jié)果,CK 的 3 個(gè)生 物重復(fù)樣品與 LT 的 3 個(gè)生物重復(fù)樣品均分別聚為一 類,不同處理間轉(zhuǎn)錄組的相似系數(shù)介于 0. 573 ~ 0. 761, 說明轉(zhuǎn)錄組差異基因篩選結(jié)果較為可靠。進(jìn)一步篩選, 低溫脅迫處理后獲得百香果 5 311 個(gè) DEGs, 其中 LT 相 對(duì) 于 CK 上調(diào)表達(dá)基因 數(shù)量為 2 533 ( 47. 69%) ,下調(diào)表達(dá)基因數(shù)量為 2 778( 52. 31%) 。高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是植物差異表達(dá)基因挖掘、代 謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和生物學(xué)機(jī)理研究的重要手段。本研 究中,百香果轉(zhuǎn)錄組各樣品的 Q20 的堿基百分比均大 于 98%,且 Q30 的堿基百分比均大于 94%,GC 含 量介于 45% ~46%之間,Unigene 的 N50 值大于長(zhǎng) 度平均值,此外 qRT-PCR 驗(yàn)證的基因表達(dá)趨勢(shì)基本與 轉(zhuǎn)錄組 FPKM 值預(yù)測(cè)基本一致。因此,所獲得的轉(zhuǎn)錄 組數(shù)據(jù)結(jié)果較好,能夠滿足后續(xù)分析要求。